- Des échantillons de selles identiques envoyés à sept sociétés de tests directs au consommateur du microbiome intestinal ont produit des profils bactériens et des évaluations de santé sensiblement différents.
- Sur 18 genres microbiens fréquemment rapportés, aucun prestataire n’a égalé le consensus ; et seulement trois genres sur 1 208 taxons identifiés apparaissent dans les résultats de toutes les entreprises.
- Les chercheurs attribuent ces écarts à des différences dans les méthodes de laboratoire et les chaînes d’analyse, et affirment que les résultats soulignent la nécessité de tests standardisés et de contrôles de qualité.
Les tests du microbiome intestinal destinés au grand public ont produit des résultats nettement différents — même en analysant le même échantillon de selles, selon les chercheurs.
Des échantillons fécaux identiques envoyés via 21 kits de dépistage à domicile à sept sociétés anonymisées de tests directs au consommateur ont donné une large variation dans l’abondance bactérienne rapportée et dans les évaluations de santé générées à partir de ces données, rapportent Stephanie L. Servetas, PhD, du National Institute of Standards and Technology (NIST) à Gaithersburg, Maryland, et des collègues dans Communications Biology.
Dans certains cas, il n’y avait même pas d’accord entre les kits produits par la même société. Sur trois échantillons identiques analysés par un fournisseur, l’un a été classé « malsain » alors que les deux autres ont été étiquetés « sain ».
Cette étude est considérée comme la première évaluation systémique de la performance analytique de ces tests destinés au grand public. Ses résultats soulèvent des questions sur la cohérence et la fiabilité dans un marché de tests destinés au grand public en rapide expansion, qui opère en dehors de la réglementation des laboratoires cliniques traditionnels, dans un contexte où l’HHS, sous l’administration Trump, affichait une approche globalement favorable envers l’industrie du bien-être.
« Nous n’avons pas fait cela pour dénigrer le mouvement scientifique autour du microbiome, » a déclaré le coauteur Scott Jackson, PhD, lors d’un briefing pour présenter les résultats. « Je suis fièrement membre de cette communauté et je ne souhaite que le meilleur pour elle. Nous l’avons fait pour mettre réellement en lumière l’état actuel de ce domaine, et plus particulièrement les applications les plus risquées — thérapeutiques et diagnostiques. »
Les tests destinés au grand public ne sont pas considérés comme diagnostiques ni réglementés à cet égard, mais « il y a évidemment beaucoup de similitudes ici, » a-t-il déclaré. « Nous voulons que l’industrie et la communauté scientifique fassent mieux, et nous aidons à promouvoir ce mouvement pour s’améliorer », a ajouté Jackson, anciennement au NIST et désormais fondateur du cabinet-conseil en biotechnologie NEST.
Lorsque les chercheurs ont comparé 18 genres microbiens couramment rapportés entre les entreprises, aucun prestataire unique n’a aligné ses résultats sur le profil de consensus pour les 18 genres. Sur l’ensemble des données, 1 208 taxons uniques ont été rapportés, mais seulement trois genres apparaissaient dans les résultats de toutes les entreprises.
Le genre Clostridium a été l’un des plus variables. Alors que le American Gut Project avait rapporté une abondance moyenne de Clostridium représentant un peu plus de 2,5 % du microbiome intestinal global, une société de l’étude a indiqué environ cinq fois ce niveau, et trois autres n’ont pas détecté ce genre dans un ou plusieurs échantillons. Ce genre comprend des espèces associées à des maladies humaines, notamment Clostridioides difficile, une cause de diarrhée.
Les auteurs estiment que les écarts proviennent probablement de différences dans le traitement des échantillons, les méthodes de séquençage, les chaînes bioinformatiques, les bases de données de référence, les seuils de signalement et les normes de contrôle de qualité. Ils soutiennent qu’il est nécessaire d’avoir des protocoles d’échantillonnage standardisés et des repères analytiques afin d’assurer la reproductibilité et la confiance des consommateurs.
« Ces tests sont devenus populaires, en partie parce que les gens, à mon avis, s’intéressent de plus en plus à la santé et au bien-être, et en partie parce que le microbiome intestinal a été lié — du moins dans l’imaginaire du public — à l’idée que l’on peut améliorer toute une gamme d’états par des changements alimentaires et de mode de vie », a déclaré la coauteure Diane Hoffmann, MS, JD, de l’Université du Maryland à Baltimore.
« Il y a eu beaucoup de battage autour de cela, mais le battage ne correspond pas vraiment aux preuves. Ces tests disposent souvent de preuves limitées, surtout lorsqu’il s’agit d’éclairer des décisions cliniques ou même des recommandations diététiques de base », a-t-elle ajouté. « Donc le marketing peut être discutable, et les consommateurs peuvent finir par mal interpréter ou accorder une confiance excessive à des résultats qui ne sont pas très fiables. »
Pour créer une matière de référence standardisée, les chercheurs ont homogénéisé des selles d’un seul donneur, préparé des suspensions à 100 mg/mL, lyophilisé le matériel et l’ont stocké à -80 °C afin de maintenir la cohérence. Ces échantillons identiques ont ensuite été soumis à des entreprises proposant soit le séquençage du gène 16S rRNA, soit des flux de métagénomique shotgun.
« Ce matériel est conçu pour dire à quel point les résultats sont reproductibles, soit entre les entreprises, soit au sein d’une même entreprise », a déclaré la microbiologiste du NIST, Servetas. « Mais il ne sera pas capable de nous dire qui était le plus proche de la bonne réponse. »
