Une analyse de plus de 60 000 séquences du virus respiratoire syncytial (VRS) à l’échelle mondiale, réalisée par le Centre Fred Hutchinson d’oncologie (États-Unis), révèle que les variantes virales associées à la résistance aux outils actuels de prévention du VRS restent rares, selon la revue Nature.
Les résultats soutiennent l’efficacité continue des anticorps préventifs et des vaccins utilisés pour protéger les nourrissons et d’autres populations vulnérables contre les infections graves dues au virus respiratoire syncytial (VRS), tout en apportant de nouvelles connaissances susceptibles d’aider à orienter le développement de futures stratégies de prévention.
« C’est incroyable, autant pour moi en tant que pédiatre que pour moi en tant que mère, que nous disposions désormais de ces outils de prévention pour le VRS », déclare la première autrice, le docteur Cassandra Simonich, du Centre Fred Hutchinson d’oncologie.
« Nous savons que ces outils sont très efficaces pour réduire les infections graves par le VRS chez les nourrissons. Nous voulons veiller à ce qu’ils restent efficaces, et cette étude représente une étape importante pour garantir que nos méthodes de prévention continuent de fonctionner », ajoute-t-elle.
LES MUTATIONS DE RÉSISTANCE RESTENT PEU FREQUENTES
Les outils de prévention du VRS comprennent des anticorps monoclonaux pour les nourrissons et des vaccins pour les adultes, qui, administrés avant l’infection, peuvent la prévenir et atténuer sa gravité. Les nourrissons, les personnes âgées dont le système immunitaire est affaibli et les personnes immunodéprimées sont considérés comme vulnérables au VRS et il est recommandé qu’ils bénéficient de thérapies préventives contre cette infection.
Une autre mesure préventive consiste à administrer le vaccin contre le VRS aux femmes au troisième trimestre de grossesse, ce qui génère des anticorps contre le VRS chez le fœtus. Ces anticorps restent après la naissance et préviennent l’infection par le VRS.
Bien que ces stratégies aient rencontré du succès jusqu’à présent, les experts en maladies infectieuses restent attentifs à des signes indiquant que le virus respiratoire syncytial (VRS) pourrait s’adapter pour échapper aux barrières biologiques créées par les anticorps préventifs. De tels signes de résistance se manifesteraient par des mutations dans de nouvelles séquences du VRS.
« Nous espérons que la résistance ne devienne pas un problème pour les outils de prévention du VRS », déclare Simonich. « Mais la surveillance jusqu’à présent a été limitée, car il n’existait pas une compréhension complète de l’impact des changements viraux observés et de ce que signifiait réellement la capacité de ces anticorps à continuer d’attaquer le virus efficacement ».
Grâce à une méthode de laboratoire appelée analyse mutationnelle approfondie, Simonich et les coauteurs de l’étude ont créé une bibliothèque détaillée de mutations potentielles du VRS qui pourraient indiquer que le virus évolue de façons susceptibles de réduire l’efficacité des outils préventifs.
La méthode de balayage mutationnel profond a été développée par Jesse Bloom, docteur en virologie évolutive et professeur au Fred Hutchinson Centre, ainsi que chercheur à l’Institut médical Howard Hughes (États-Unis).
« Auparavant, les scientifiques identifiaient les mutations de résistance des anticorps contre le VRS principalement en faisant croître le virus en laboratoire en présence d’anticorps », explique Bloom.
« Avec de nouvelles techniques comme celle décrite dans cet article, nous pouvons caractériser systématiquement les effets des mutations sur la protéine virale clé en dehors du contexte du virus pathogène. Par la suite, nous pouvons combiner ces mesures avec des modèles bio-physiques de l’évasion des anticorps et l’analyse des séquences virales naturelles pour comprendre jusqu’où l’évolution pourrait affecter l’efficacité de ces anticorps importants », affirme-t-il.
L’ANALYSE DE 60 000 SÉQUENCES DU VRS
Lequipe a analysé 60 000 séquences du VRS provenant de bases de données publiques. Ces séquences virales provenaient de cas de personnes atteintes de VRS dans le monde et incluaient les sous-types VRS A et VRS B, qui circulent conjointement. Les chercheurs ont utilisé une analyse mutationnelle exhaustive pour mesurer systématiquement l’effet de milliers de mutations possibles sur la protéine de fusion du VRS sur la neutralisation par les anticorps, puis ont utilisé cette information pour classer les séquences en fonction de leur niveau de résistance.
« Nos résultats montrent qu’il était peu fréquent de trouver une résistance aux anticorps utilisés actuellement pour la prévention« , ajoute Simonich. « Cela est encourageant pour nirsevimab et clesirovimab, car pour ces deux anticorps, il ne semble pas y avoir de propagation soutenue de mutations de résistance ». Simonich estime que moins de 1 % des séquences du VRS présentent des mutations de résistance.
Ensuite, les chercheurs ont intégré ces bibliothèques complètes de mutations dans Nextstrain, une plateforme d’accès libre pour la surveillance des agents pathogènes. L’équipe espère que les résultats contribueront à une surveillance continue en temps réel afin de détecter la résistance au VRS et de déterminer si les souches résistantes deviennent plus fréquentes avec le temps.
VIGILANCE POUR MAINTENIR L’EFFICACITÉ DES VACCINS
« Les progrès accomplis dans la prévention des maladies graves liées au VRS, notamment chez les nourrissons, ont été remarquables », résume Simonich. « Nous espérons que ces résultats aideront les chercheurs à continuer d’améliorer les outils de prévention et à maintenir leur efficacité à long terme ».
