Une étude dirigée par l’Institut de Santé Carlos III (ISCIII) a mis en évidence la valeur diagnostique additionnelle du séquençage métagénomique viral, qui permet d’identifier des virus dans des échantillons de liquide céphalo-rachidien chez des adultes présentant une suspicion d’infection du système nerveux central lorsque les tests habituels s’avèrent négatifs.
L’étude, publiée dans le ‘Journal of General Virology’, a été réalisée par une équipe du Centre National de Microbiologie (CNM) de l’ISCIII, en collaboration avec les hôpitaux universitaires Puerta de Hierro de Majadahonda, à Madrid, et Reina Sofía, à Córdoba, ainsi que d’autres groupes de recherche nationaux et internationaux.
Les infections virales du système nerveux central peuvent provoquer une méningite, une encéphalite, une myélite et d’autres maladies neurologiques. Cependant, dans une proportion importante de cas, l’agent causal n’est pas identifiable par les techniques diagnostiques conventionnelles.
Selon les explications fournies par l’ISCIII, le grand nombre de virus capables de causer ces infections, une présence virale en quantités trop faibles ou l’utilisation de panels de diagnostic qui n’incluent pas tous les virus possibles expliquent en partie les difficultés d’identification.
Face à cela, l’équipe de recherche a appliqué des techniques de séquençage métagénomique viral avec enrichissement par capture par sondes, une méthodologie qui permet de rechercher simultanément des milliers de virus connus directement dans les échantillons cliniques.
Les chercheurs ont utilisé cette stratégie sur 40 échantillons de liquide céphalo-rachidien provenant de patients chez lesquels une infection du système nerveux central était soupçonnée et qui avaient montré des résultats négatifs lors des tests diagnostiques préalables.
PEGIVIRUS HUMAIN, VIRUS TOSCANE ET HERPÈSVIRUS
Ainsi, ils ont détecté des séquences virales chez six des patients. Plus précisément, ils ont identifié un pegivirus humain chez trois patients, le virus Toscana chez l’un, le virus herpès simplex de type 1 chez un autre et le virus varicelle-zoster chez le sixième patient.
Tous les résultats ont étéconfirmés par des techniques moléculaires spécifiques et, dans plusieurs cas, il a été possible de récupérer des génomes viraux complets ou presque complets, ce qui a facilité l’étude de la diversité génétique des virus.
Concernant le pegivirus humain, relativement fréquent et capable de persister dans l’organisme, la chercheuse du CNM-ISCIII, María Dolores Fernández-García, a précisé qu’il n’a pas été clairement associé à une maladie précise. Sa présence dans le liquide céphalo-rachidien apporte une piste pour de futures recherches, mais ne démontre pas qu’il en soit la cause des symptômes.
Quant au virus Toscana détecté chez une patiente atteinte de méningite, elle a suggéré qu’il serait utile d’étudier ce virus dans les cas de méningite d’origine inconnue qui surviennent pendant les mois d’été, coïncidant avec la période d’activité maximale des phlébotomes, des insectes ressemblant à des moustiques qui le transmettent.
En ce qui concerne le virus herpes simplex de type 1 et le virus varicelle-zoster identifiés chez deux patients qui avaient donné des résultats négatifs dans le panneau diagnostique initial, la chercheuse a souligné que cela renforce la valeur d’utiliser des tests moléculaires complémentaires lorsque la suspicion clinique persiste.
« Trouver un virus ne signifie pas nécessairement qu’il soit la cause de la maladie, mais il peut apporter une piste importante pour orienter le diagnostic et les recherches futures », a déclaré Fernández-García, qui a évoqué le séquençage métagénomique comme « un outil complémentaire de grande valeur » dans des cas comme ceux étudiés.
Cette recherche s’inscrit dans la thèse de doctorat que la première autrice, Ana Donoso, réalise au CNM-ISCIII sous la direction de María Dolores Fernández-García, qui a mené l’étude en tant que responsable du groupe des Gastro-entérites virales et chercheuse de l’Aire Épidémiologie et Santé Publique (CIBERESP) du Centre de Recherche Biomédicale en Red (CIBER-ISCIII).
